학술논문
Experimental and theoretical evaluation of typing methods based upon random amplification of genomic restriction fragments (AFLP) for bacterial population genetics
Document Type
Original Paper
Author
Mougel, Christophe; Teyssier, Sylvie; d’Angelo, Cathy; Groud, Karine; Neyra, Mare; Sidi-Boumedine, Karim; Cloeckaert, Axel; Peloille, Michèle; Baucheron, Sylvie; Chaslus-Dancla, Élisabeth; Jarraud, Sophie; Meugnier, Hélène; Forey, Françoise; Vandenesch, François; Lina, Gérard; Étienne, Jéröme; Thioulouse, Jean; Manceau, Charles; Robbe, Patrick; Nalin, Renaud; Briolay, Jéröme; Nesme, Xavier
Source
Genetics Selection Evolution. 33(Suppl 1)
Subject
Language
English
ISSN
1297-9686
Abstract
Résumé: La reproductibilité et Ie niveau de resolution taxo-nomique de ramplification aléatoire de fragments de restriction (AFLP) ont été éval-ués avec divers modèles pathogènes de l’homme, des animaux et des plantes. La methode est tres adaptable et peut être modifiée en fonction des particularités génomiques de chaque espèce. La différence nucléotidique moyenne réelle entre les genomes est une mesure de la distance génomique entre bactéries qui peut être estimée a partir de l’AFLP. Cette mesure permet la comparaison de données AFLP obtenues de fagons différentes. Avec la plupart des modèles, Ie seuil discriminant les distances interdes distances infra-spécifiques correspond a des differences nucléotidiques de l’ordre de 14% (d — 0,14). L’AFLP s’est montrée plus résolutive que la sérologie, la lyso-typie, l’électrophorèse en champs pulsés, et la PCR-RFLP de l’intergène ribosomique. L’analyse montre ainsi que la PCR-RFLP de l’intergène ribosomique permet de dis-tinguer des bactéries présentant au moins 3,4% (d = 0,034) de differences entre leurs genomes respectifs. Une procédure Standard d’aquisition et de traitement numérique des données incluant des logiciels adaptés est également proposée.