학술논문
비선형 혼합효과 모형에서의 로버스트 추정방법을 이용한 고속 대량 스크리닝 자료 분석 / Analysis of qHTS assay data using a robust nonlinear mixed model estimation
Document Type
Dissertation/ Thesis
Author
Source
Subject
Language
Korean
Abstract
정량적 고속 대량 스크리닝(Quantitative High Throughput Screening) 자료는 수많은 화합물질들을 여러 농도에서 일괄적으로 분석하여 독성여부를 평가하는데 사용된다. 이 자료는 각각의 화합물질에 대해 여러 번 같은 실험을 반복함으로써 생성된 자료로서 개체 내 변동성과 개체 간 변동성을 모두 고려하는 비선형 혼합효과 모형을 이용하여 분석할 수 있다. 비선형 혼합효과 모형에서 하나의 이상치는 각 개체 내에서 혹은 전반적으로 추정된 모수 값을 왜곡시킬 수 있다. 이에 따라 본 논문에서는 고정효과 모수 및 분산구조를 추정하는데 로버스트 추정 방법 중 하나인 한-단계 접근(one-step approach)법 적용하여 분석하였다. 또한 약의 효능을 의미하는 모수의 유의성을 기준으로 독성을 지닌 화학물질을 분류하였다.
The quantitative High Throughput Screening (qHTS) data is used to assess the toxicity of a number of compounds by collectively analyzing them at various concentrations. The qHTS data can be analyzed by using a nonlinear mixed effect model that takes into account both intra-individual variability and inter-individual variability as the qHTS data generated by repeating the same experiment several times for each compound. In the nonlinear mixed effect model, one outlier can distort the estimated parameter value within each individual or overall. In this study, we apply the one-step approach which is one of the robust estimate methods to estimate the fixed effect parameters and the variance-covariance structure. In addition, toxic chemical substances were classified based on the significance of the parameter which means efficacy of the drugs.
The quantitative High Throughput Screening (qHTS) data is used to assess the toxicity of a number of compounds by collectively analyzing them at various concentrations. The qHTS data can be analyzed by using a nonlinear mixed effect model that takes into account both intra-individual variability and inter-individual variability as the qHTS data generated by repeating the same experiment several times for each compound. In the nonlinear mixed effect model, one outlier can distort the estimated parameter value within each individual or overall. In this study, we apply the one-step approach which is one of the robust estimate methods to estimate the fixed effect parameters and the variance-covariance structure. In addition, toxic chemical substances were classified based on the significance of the parameter which means efficacy of the drugs.