부산대학교 도서관

Objetivos. Determinar el subtipo y la variabilidad genomica del gen pol del VIH de pacientes costarricenses mediante diferentes herramientas bioinformaticas y el uso de esta informacion para establecer nuevas politicas para mejorar el diagnostico y el tratamiento de estos pacientes. Metodos. Se analizaron 113 secuencias del gen pol de pacientes costarricenses bajo tratamiento antirretrovirico de gran actividad mediante cuatro programas: Genotyping, REGA, Stanford y MEGA. Las secuencias pol analizadas provenian de 77 casos considerados fracasos virologicos (FV) y 36 muestras iniciales (MI). Tambien se secuencio la region env de 22 de los 77 FV. Resultados. No se encontraron diferencias importantes entre las variables estudiadas. No obstante, se observo una tendencia a una mayor variabilidad en los pacientes FV que tenian una elevada carga viral inicial. Con respecto al gen pol, 77-83% de las MI y 66-75% de las muestras de los FV eran del subtipo B puro segun Genotyping y REGA, respectivamente. Las otras muestras presentaron variaciones relacionadas principalmente con la forma recombinante en circulacion CRF-12 segun Genotyping, con la CRF-17 o la CRF-29 segun el analisis filogenetico, o una nueva posible forma recombinante BD segun todos los programas. Con el programa Stanford, todas las muestras variables reflejaron un subtipo B con elevado polimorfismo. La variabilidad de la secuencia env fue menor que la de la region pol. Conclusiones. El subtipo B fue el predominante en los pacientes positivos al VIH en Costa Rica. Existe una alta variabilidad en las secuencias con una posible recombinacion entre los subtipos B, y F o D. La forma recombinante BD no se habia notificado antes. Esta elevada variabilidad parece ser el resultado de posibles eventos de recombinacion, la falta de adhesion al tratamiento antirretrovirico, las relaciones sexuales sin proteccion y numerosas parejas sexuales. Se deben emprender estudios similares en otros paises de la Region, en particular en los lugares con mucha inmigracion, para reducir tanto la posibilidad de que el virus varie como el costo del tratamiento antirretrovirico. Palabras clave VIH-1; analisis de secuencia; recombinacion genetica; variacion genetica; programas informaticos; Costa Rica. Objective. To estimate subtype and genomic variability in the HIV pol gene of Costa Rican patients by using different bioinformatics tools and to use this information to establish new policies to better manage these patients. Methods. A total of 113 pol sequences available from Costa Rican patients under highly active antiretroviral therapy were analyzed by using the Genotyping, REGA, Stanford, and MEGA programs. The pol sequences came from 77 virologic failures (VF) and 36 basal samples (BS). Of the 77 VF, 22 also were sequenced in the env region. Results. No major differences were found among the variables studied. However, there was a tendency for more variability in VF patients with a high baseline viral load. In the pol gene, 75%-83% of BS and 66%-75% of VF samples were pure B subtype by Genotyping and REGA, respectively. The other samples presented variations related mainly to circulating recombinant form CRF12 by genotyping or to CRF17 or -29 by phylogenetic analysis or a new possible BD recombinant with all programs. In the Stanford program, all variable samples showed a subtype B with high polymorphism. The variability in the env sequences was lower than that in the pol region. Conclusion. The B subtype is predominant in Costa Rican HlV-positive patients. There is high variability within sequences with potential recombination between B and F or D subtypes. The BD recombinant has not been previously reported. This high variability is likely the result of possible recombinant events, nonadherence to antiretroviral therapy, sexual intercourse without protection, and many sexual partners. Similar studies should be done in other countries in the Region, in particular in those places with extensive immigration, in order to decrease the possibility of virus variability as well as the cost of antiretroviral therapy. Key words HIV-1; sequence analysis; recombination, genetic; genetic variation; software; Costa Rica.
Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools In Latin America, there were 100 000 new HIV infections and 58 000 AIDS deaths [...]