학술논문
山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因的克隆和SNP分析 / Cloning and SNP Analysis of 1-Deoxy-D-xylulose-5-phosphate Reductoisomerases (DXR) in Litsea cubeba
Document Type
Academic Journal
Author
刘英冠; 吴庆珂; 何关顺; 汪阳东; 杨素素; 陈益存; 高暝; LIU Ying-guan; WU Qing-ke; HE Guan-shun; WANG Yang-dong; YANG Su-su; CHEN Yi-cun; GAO Ming
Source
林业科学研究 / Forest Research. 28(1):93-100
Subject
Language
Chinese
ISSN
1001-1498
Abstract
在转录组测序结果分析基础上,以山鸡椒cDNA为模板,克隆得到山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因cDNA全长,以山鸡椒基因组DNA为模板,设计引物、扩增拼接后获得山鸡椒DXR基因全长,命名为LcDXR.序列分析表明,LcDXR cDNA全长为1 501 bp,5’非编码区长34 bp,3’非编码区长53 bp,开放阅读框长1 413 bp,预测编码含有470个氨基酸残基的蛋白质,等电点为6.62,分子量为51.12 kD.LcDXR基因全长为12 601 bp,其中外显子12个,内含子11个.对来自10个种源的LcDXR基因编码区单核苷酸变异位点进行分析表明:在cDNA区间内共发现10个SNP(single nucleotide polymorphism)位点,其中有4个单核苷酸变异导致了所编码的氨基酸的改变,为了分析氨基酸突变导致的蛋白质精细结构的变化,利用Swiss-PDB Viewer模拟4个突变位点氨基酸残基的替换.其中江西安远(AY)的突变Lys119Thr引起了氢键的变化,推测可能对酶的活性产生影响.研究结果为深入研究山鸡椒脱氧木酮糖5-磷酸还原异构酶的活性和功能奠定了基础,同时为山鸡椒遗传育种提供理论依据.