학술논문
基于机器学习鉴定克罗恩病潜在生物标志物 / Identification of potential biomarkers for Crohn' s disease based on ma-chine learning
Document Type
Academic Journal
Author
黄晓东; 黄衔; 李昂; 刘琦凯; 钟秀清; 肖剑伟; HUANG Xiaodong; HUANG Xian; LI Ang; LIU Qikai; ZHONG Xiuqing; XIAO Jianwei
Source
中国当代医药 / China Modern Medicine. 30(1):10-封3
Subject
Language
Chinese
ISSN
1674-4721
Abstract
目的 探讨克罗恩病(CD)潜在生物标志物,并分析其与病情活动的相关性.方法 通过基因表达综合数据库(GEO)下载CD患者的表达数据,筛选差异基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路分析,通过3种机器学习方法在差异基因中进一步筛选并取交集得到核心基因.验证核心基因在健康对照组与CD组中差异表达情况,分析其与病情活动的相关性.结果 研究共筛选到差异基因75个,GO富集分析显示其主要包括有机酸跨膜转运蛋白活性、中性粒细胞迁移、急性炎症反应.KEGG信号通路分析显示其富集于白介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路等通路.通过机器学习进一步筛选出WNT5A和NAMPT两个与CD发病相关基因,并与克罗恩病内镜严重程度指数(CDEIS)呈正相关(P<0.01).结论 WNT5A和NAMPT与CD病情活动度相关,可能为CD潜在的诊断及治疗靶点.