학술논문
意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本鉴定及验证 / Identification and verification of genes and full-length transcripts of serine/threonine protein kinases in Apis mellifera ligustica
Document Type
Academic Journal
Author
范小雪; 张凯遥; 朱乐冉; 王紫馨; 张奎昊; 牛庆生; 徐细建; 骆群; 陈大福; 郭睿; FAN Xiao-Xue; ZHANG Kai-Yao; ZHU Le-Ran; WANG Zi-Xin; ZHANG Kui-Hao; NIU Qing-Sheng; XU Xi-Jian; LUO Qun; CHEN Da-Fu; GUO Rui
Source
昆虫学报 / Acta Entomologica Sinica. 66(4):478-485
Subject
Language
Chinese
ISSN
0454-6296
Abstract
[目的]利用前期获得的高质量纳米孔长读段测序数据对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本进行鉴定和分析,为深入开展功能研究提供参考信息和基础.[方法]基于前期获得的高质量意大利蜜蜂纳米孔长读段测序数据,通过Blast工具将意大利蜜蜂全长转录本比对Nr数据库筛选出丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本;利用gffcompare软件将筛选出的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶全长转录本与西方蜜蜂A.mellifera参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较,以鉴定未注释的新基因和新转录本;使用Astalavista软件鉴定丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因的可变剪接(alternative splicing,AS)事件类型,采用IGV浏览器对剪接体的结构进行可视化,通过RT-PCR验证随机选取的6次AS事件的真实性.[结果]共鉴定到意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶71个基因和335条全长转录本,发掘出未注释的1个新基因和97条新转录本;共对14个已注释基因进行了结构优化,分别延伸了 6个基因的5'端和8个基因的3'端.共鉴定到意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶7个基因的57次AS事件,包括40 次外显子跳跃(exon skipping,ES)事件、15 次可变 5'端剪接位点(alternative 5'splicing site,A5SS)事件和2次可变3'端剪接位点(alternative 3'splicing site,A3SS)事件.对随机选取的6次AS事件的RT-PCR结果表明,所有目的片段均符合预期大小,证实了 AS事件的真实性.[结论]本研究系统鉴定了意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本,优化了西方蜜蜂参考基因组注释的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的基因结构.