학술논문
基于高通量测序技术分析奶牛场垫沙和橡胶垫卧床中的菌群差异 / Analysis of microbial community difference between sand and rubber bedding in dairy farm by high throughput sequencing technology
Document Type
Academic Journal
Author
吕倩; 骆巧; 罗雪; 陈久兵; 马莉; 罗正中; 姚学萍; 余树民; 沈留红; 曹随忠; LYU Qian; LUO Qiao; LUO Xue; CHEN Jiubing; MA Li; LUO Zhengzhong; YAO Xueping; YU Shumin; SHEN Liuhong; CAO Suizhong
Source
浙江农业学报 / Acta Agriculturae Zhejiangensis. 34(7):1377-1385
Subject
Language
Chinese
ISSN
1004-1524
Abstract
为探究奶牛场沙土垫层和橡胶垫层菌群特征及差异,分别采集四川省两个规模化奶牛场的沙土垫层样本和橡胶垫层样本各6份,利用高通量测序技术对16S rRNA基因的V4区进行测序和生物信息学分析.结果显示,两个奶牛场的卧床垫层12个样本共获得1443818条优化序列(clean reads),将相似度为97％的有效序列进行操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)聚类,共得到2311个OTUs.在属分类水平上,沙土垫层优势菌属为不动杆菌属(Acinetobacter)、海杆菌属(Marinobacter)、里氏杆菌属(Riemerella)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、节杆菌属(Arthrobacter);橡胶垫层优势菌属为棒状杆菌属(Corynebacterium)、藤黄单胞菌属(Luteimonas)、梭杆菌属(Fusobacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、弧菌属(Vibrio).沙土垫层样本中不动杆菌属(Acinetobacter)、里氏杆菌属(Riemerella)的相对丰度显著高于橡胶垫层样本(P<0.05),橡胶垫层样本中梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于沙土垫层样本(P<0.05).Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数在两组之间差异均不显著(P>0.05).结果表明,沙土样本间的菌群差异大于橡胶垫层样本,无论是沙土垫层还是橡胶垫层,均存在环境条件致病菌.