학술논문

Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil.
Document Type
Academic Journal
Author
Candido DS; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Claro IM; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; de Jesus JG; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Souza WM; Centro de Pesquisa em Virologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.; Moreira FRR; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Dellicour S; Spatial Epidemiology Lab, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium.; Mellan TA; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK.; du Plessis L; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Pereira RHM; Institute for Applied Economic Research, Brasília, Brazil.; Sales FCS; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Manuli ER; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Thézé J; Université Clermont Auvergne, INRAE, VetAgro Sup, UMR EPIA, Saint-Genès-Champanelle, France.; Almeida L; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.; Menezes MT; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Voloch CM; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Fumagalli MJ; Centro de Pesquisa em Virologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.; Coletti TM; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; da Silva CAM; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Ramundo MS; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Amorim MR; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Hoeltgebaum HH; Department of Mathematics, Imperial College London, London, UK.; Mishra S; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK.; Gill MS; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium.; Carvalho LM; Escola de Matemática Aplicada (EMAp), Fundação Getúlio Vargas, Rio de Janeiro, Brazil.; Buss LF; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Prete CA Jr; Department of Electronic Systems Engineering, University of São Paulo, São Paulo, Brazil.; Ashworth J; Usher Institute, University of Edinburgh, Edinburgh, UK.; Nakaya HI; Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences, University of São Paulo, São Paulo, Brazil.; Peixoto PS; Departamento de Matemática Aplicada, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Brady OJ; Department of Infectious Disease Epidemiology, Faculty of Epidemiology and Population Health, London School of Hygiene & Tropical Medicine, London, UK.; Centre for the Mathematical Modelling of Infectious Diseases, London School of Hygiene & Tropical Medicine, London, UK.; Nicholls SM; Institute for Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, UK.; Tanuri A; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Rossi ÁD; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Braga CKV; Institute for Applied Economic Research, Brasília, Brazil.; Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.; de C Guimarães AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.; Gaburo N Jr; DB Diagnósticos do Brasil, São Paulo, Brazil.; Alencar CS; LIM 03 Laboratório de Medicina Laboratorial, Hospital das Clínicas Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Ferreira ACS; Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte, Brazil.; Lima CX; Departamento de Cirurgia, Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Simile Instituto de Imunologia Aplicada Ltda, Belo Horizonte, Brazil.; Levi JE; Laboratório DASA, São Paulo, Brazil.; Granato C; Laboratório Fleury, São Paulo, Brazil.; Ferreira GM; Laboratório de Virologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, Brazil.; Francisco RS Jr; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.; Granja F; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Centro de Estudos da Biodiversidade, Universidade Federal de Roraima, Boa Vista, Brazil.; Garcia MT; Divisão de Doenças Infecciosas, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Moretti ML; Divisão de Doenças Infecciosas, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Perroud MW Jr; Hospital Estadual Sumaré, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Castiñeiras TMPP; Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Lazari CS; Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas, da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Hill SC; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College, Hatfield, UK.; de Souza Santos AA; University of Oxford, Latin American Centre, Oxford School of Global and Area Studies, Oxford, UK.; Simeoni CL; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Forato J; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Sposito AC; Departamento de Clínica Médica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Schreiber AZ; Departamento de Patologia Clínica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Santos MNN; Departamento de Patologia Clínica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; de Sá CZ; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Souza RP; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Resende-Moreira LC; Departamento de Botânica, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Teixeira MM; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Hubner J; Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Leme PAF; Centro de Saúde da Comunidade, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Moreira RG; Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Nogueira ML; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil.; Ferguson NM; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK.; Costa SF; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Proenca-Modena JL; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Vasconcelos ATR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.; Bhatt S; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK.; Lemey P; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium.; Wu CH; Mathematical Sciences, University of Southampton, Southampton, UK.; Rambaut A; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, UK.; Loman NJ; Institute for Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, UK.; Aguiar RS; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Pybus OG; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Sabino EC; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. sabinoec@usp.br nfaria@ic.ac.uk.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Faria NR; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK. sabinoec@usp.br nfaria@ic.ac.uk.; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK.
Source
Publisher: American Association for the Advancement of Science Country of Publication: United States NLM ID: 0404511 Publication Model: Print-Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 1095-9203 (Electronic) Linking ISSN: 00368075 NLM ISO Abbreviation: Science Subsets: MEDLINE
Subject
Language
English
Abstract
Brazil currently has one of the fastest-growing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemics in the world. Because of limited available data, assessments of the impact of nonpharmaceutical interventions (NPIs) on this virus spread remain challenging. Using a mobility-driven transmission model, we show that NPIs reduced the reproduction number from >3 to 1 to 1.6 in São Paulo and Rio de Janeiro. Sequencing of 427 new genomes and analysis of a geographically representative genomic dataset identified >100 international virus introductions in Brazil. We estimate that most (76%) of the Brazilian strains fell in three clades that were introduced from Europe between 22 February and 11 March 2020. During the early epidemic phase, we found that SARS-CoV-2 spread mostly locally and within state borders. After this period, despite sharp decreases in air travel, we estimated multiple exportations from large urban centers that coincided with a 25% increase in average traveled distances in national flights. This study sheds new light on the epidemic transmission and evolutionary trajectories of SARS-CoV-2 lineages in Brazil and provides evidence that current interventions remain insufficient to keep virus transmission under control in this country.
(Copyright © 2020 The Authors, some rights reserved; exclusive licensee American Association for the Advancement of Science. No claim to original U.S. Government Works.)