학술논문
Genomic epidemiology reveals the impact of national and international restrictions measures on the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil.
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Author
Giovanetti M; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Slavov SN; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Fonseca V; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (CGLAB/SVS-MS) Brasília, Distrito Federal, Brazil.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa.; Wilkinson E; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa.; Tegally H; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa.; Patané JSL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Viala VL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; San JE; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa.; Rodrigues ES; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Santos EV; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Aburjaile F; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Xavier J; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Fritsch H; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Adelino TER; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Pereira F; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; Leal A; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; de Melo Iani FC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; de Carvalho Pereira G; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Vazquez C; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Mercedes Estigarribia Sanabria G; Universidad Nacional del Caaguazú, Instituto Regional de Investigación en Salud.; Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo.; Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social.; de Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.; Demarchi L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil.; Croda J; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.; Dos Santos Bezerra R; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; de Lima LPO; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Martins AJ; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Dos Santos Barros CR; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Marqueze EC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; de Souza Todao Bernardino J; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Moretti DB; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Brassaloti RA; University of São Paulo, Centro de Genômica Funcional da ESALQ, Piracicaba, SP, Brazil.; de Lello Rocha Campos Cassano R; University of São Paulo, Centro de Genômica Funcional da ESALQ, Piracicaba, SP, Brazil.; Mariani PDSC; NGS Soluções Genômicas, Piracicaba, SP, Brazil.; Kitajima JP; Mendelics Análise Genômica.; Santos B; Mendelics Análise Genômica.; Proto-Siqueira R; Instituto de Biologia Molecular, Laboratório Antonello, Rio Grande do Sul, Brazil.; Cantarelli VV; Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA), Universidade Feevale, Grupo Exame Laboratórios, Rio Grande do Sul, Brazil.; Tosta S; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; Nardy VB; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; de Oliveira da Silva LR; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; Kelly Astete Gómez M; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; Lima JG; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil.; Ribeiro AA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Guimarães NR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Watanabe LT; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.; Da Silva LB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.; da Silva Ferreira R; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.; da Penha MPF; Vigilância em Saúde do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil.; Ortega MJ; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; de la Fuente AG; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Villalba S; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Torales J; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Gamarra ML; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Aquino C; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Martínez Figueredo GP; Universidad Nacional del Caaguazú, Instituto Regional de Investigación en Salud.; Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo.; Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social.; Fava WS; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.; Motta-Castro ARC; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.; Venturini J; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.; de Oliveira SMDVL; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.; Gonçalves CCM; Secretaria de Saúde do Estado do Mato Grosso do Sul.; do Carmo Debur Rossa M; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR).; Becker GN; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR).; Presibella MM; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR).; Marques NQ; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR).; Riediger IN; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR).; Raboni S; Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná, Curitiba, PR.; Coelho GM; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR.; Cataneo AHD; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR.; Zanluca C; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR.; Dos Santos CND; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR.; Assato PA; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil.; da Costa FADS; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil.; Poleti MD; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil.; Lesbon JCC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil.; Mattos EC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil.; Banho CA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.; Sacchetto L; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.; Moraes MM; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.; Grotto RMT; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil.; Molecular Biology Laboratory, Applied Biotechnology Laboratory, Clinical Hospital of the Botucatu Medical School, Brazil.; Souza-Neto JA; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil.; Nogueira ML; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.; Fukumasu H; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil.; Coutinho LL; University of São Paulo, Centro de Genômica Funcional da ESALQ, Piracicaba, SP, Brazil.; Calado RT; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Neto RM; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; de Filippis AMB; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; da Cunha RV; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.; Freitas C; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (CGLAB/SVS-MS) Brasília, Distrito Federal, Brazil.; Peterka CRL; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilaçncia em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil.; de Fátima Rangel Fernandes C; Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveisa/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.; de Araújo WN; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.; do Carmo Said RF; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.; Almiron M; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.; de Albuquerque E Melo CFC; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.; Lourenço J; Department of Zoology, Peter Medawar Building, University of Oxford, Oxford, UK.; Biosystems and Integrative Sciences Institute, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal.; de Oliveira T; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa.; Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA), Durban, South Africa.; Department of Global Health, University of Washington, Seattle, WA, USA.; Holmes EC; Sydney Institute for Infectious Diseases, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, NSW, Australia.; Haddad R; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Sampaio SC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Elias MC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.; Kashima S; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; de Alcantara LCJ; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Covas DT; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.
Source
Country of Publication: United States NLM ID: 101767986 Publication Model: Electronic Cited Medium: Internet NLM ISO Abbreviation: medRxiv Subsets: PubMed not MEDLINE
Subject
Language
English
Abstract
Brazil has experienced some of the highest numbers of COVID-19 cases and deaths globally and from May 2021 made Latin America a pandemic epicenter. Although SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, important gaps remain in our understanding of virus transmission dynamics at the national scale. Here, we describe the genomic epidemiology of SARS-CoV-2 using near-full genomes sampled from 27 Brazilian states and a bordering country - Paraguay. We show that the early stage of the pandemic in Brazil was characterised by the co-circulation of multiple viral lineages, linked to multiple importations predominantly from Europe, and subsequently characterized by large local transmission clusters. As the epidemic progressed under an absence of effective restriction measures, there was a local emergence and onward international spread of Variants of Concern (VOC) and Variants Under Monitoring (VUM), including Gamma (P.1) and Zeta (P.2). In addition, we provide a preliminary genomic overview of the epidemic in Paraguay, showing evidence of importation from Brazil. These data reinforce the usefulness and need for the implementation of widespread genomic surveillance in South America as a toolkit for pandemic monitoring that provides a means to follow the real-time spread of emerging SARS-CoV-2 variants with possible implications for public health and immunization strategies.