학술논문

Gene Expression Studies: How to Obtain Accurate and Reliable Data by Quantitative Real-Time RT PCR / IZUČAVANJE EKSPRESIJE GENA: KAKO DOBITI TAČNE I POUZDANE PODATKE KVANTITATIVNIM RT PCR-OM U REALNOM VREMENU.
Document Type
Article
Source
Journal of Medical Biochemistry. Oct2013, Vol. 32 Issue 4, p325-338. 14p.
Subject
*GENE expression
*POLYMERASE chain reaction
*GENETIC transcription
*MESSENGER RNA
*GENES
Language
ISSN
1452-8258
Abstract
RT-PCR je prepoznat kao precizna, pouzdana i osetljiva metoda za kvantifikaciji! transkripcije gena. Medutim, ovoj metodi prethodi nekoliko koraka koji predstavljaju kritične tačke i izvor potencijalnih grešaka. Ovi korači uključuju obradu čelijskog materijala, ekstrakciju i čuvanje RNK, odredivanje koncentracije RNK i sintezu cDNK. Da bi se kompenzovala potencijalna varijabilnost na- stala tokom procedure, uvedena je normalizacija ekspresije ciljnih gena. Precizna normalizacija je postala apsolutni pre- duslov za tačnu kvantifikaciju ekspresije gena. Postoji neko- liko strategija za normalizaciju eksperimentalnih podataka, uključujuči normalizaciju u odnosu na veličinu uzorka, ukup- nu RNK ili internú kontrolu (referencu). Kao interna (endo- gena) kontrola najčešče se koriste geni sa stabilnom ekspre- sijom. Imajuči u vidu veliku osetljivost, reproducibilnost i veliki dinamički opseg PCR metode, zahtevi za odgovara- jučim referentnim genima koji če se koristiti za normalizaciju podataka postali su veoma restriktivni. Cilj ovog rada je da razjasni koncept normalizacije i prokomentariše nekoliko sta- tističkih algoritama koji su razvijeni kako bi pomogli u valida- ciji potencijalnih referentnih gena. Pokazujuči da koriščenje neodgovarajučih referentnih gena (endogenih kontrola) može da dovede do netačnih rezultata i pogrešne inter- pretacije eksperimentalnih podataka, mi se priključujemo tvorcima uputstva MIQE (eng. Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments) u pokúšajú da ubedimo naučnu javnost da je ispravna validacija potencijalnih referentnih gena apsolutni preduslov za tačnu normalizaciju i, shodno tome, preduslov za dobijanje tačnih i pouzdanih podataka u analizi ekspresije gena metodom kvantitativnog PCR-a u reálnom vremenu. [ABSTRACT FROM AUTHOR]