학술논문

Transcriptomic comparison of liver tissue between Anqing six-end-white pigs and Yorkshire pigs based on RNA sequencing.
Document Type
Article
Source
Genome. Apr2020, Vol. 63 Issue 4, p203-214. 12p.
Subject
*YORKSHIRE swine
*LIPID metabolism
*NUCLEOTIDE sequence
*ANIMAL breeding
*SWINE
*ENERGY metabolism
*OBESITY
*LIVER
Language
ISSN
0831-2796
Abstract
Les races indigènes chinoises et commerciales occidentales présentent des différences dans le métabolisme des lipides, les dépôts adipeux et la composition en acides gras; pour ces raisons, ils sont devenus des modèles pour l'étude du métabolisme énergétique et l'obésité chez les humains. Pour comparer les mécanismes expliquant les différences métaboliques entre les porcs Yorkshire (maigre) et Anqing six-end-white (obèse), les transcriptomes hépatiques de six verrats castrés dont la masse corporelle était d'environ 100 kg (trois Yorkshire et trois Anqing) ont été analysés par une approche RNA-seq. Le nombre total de séquences produites pour chaque échantillon hépatique variait entre 47,05 et 62,6 millions. Parmi 362 gènes exprimés différemment, 142 et 220 étaient respectivement exprimés plus ou moins fortement chez les porcs Anqing six-end-white. Sur la base de ces données, il a été observé que 79 termes GO étaient enrichis. Les premiers 10 termes enrichis (ceux avec la valeur P corrigée la plus faible) ont été identifiés et incluaient le métabolisme lipidique et le métabolisme de l'acide carboxylique. Une analyse des sentiers a révélé un enrichissement significatif de trois sentiers KEGG dont la signalisation PPAR, la synthèse des hormones stéroïdiennes et le métabolisme du rétinol. Sur la base des réseaux d'interactions protéine-protéine, plusieurs gènes impliqués dans le métabolisme des lipides ont été identifiés tels que PCK1 , PPARA et CYP7A1 ; ceux-ci sont considérés comme étant des gènes candidats prometteurs pouvant affecter le métabolisme lipidique chez le foie et les dépôts adipeux chez le porc. Ces résultats fournissent une riche information transcriptomique qui sera utile en amélioration génétique et en recherche biomédicale. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]