학술논문

Application of retrotransposon-based Inter-SINE Amplified Polymorphism (ISAP) markers for the differentiation of common poplar genotypes.
Document Type
Article
Source
Canadian Journal of Forest Research. 2021, Vol. 51 Issue 11, p1650-1663. 14p.
Subject
*EUROPEAN aspen
*MICROSATELLITE repeats
*POPLARS
*GENOTYPES
*CLUSTER analysis (Statistics)
Language
ISSN
0045-5067
Abstract
Des marqueurs moléculaires ont été développés pour l'identification et la reconnaissance des génotypes de peuplier (Populus spp.) à partir des polymorphismes d'insertion de rétrotransposons. À cette fin, des éléments nucléaires intercalés courts (SINE) de la séquence du génome de Populus tremula L. ont été identifiés et assignés à différentes familles de SINE. Pour les familles ayant un nombre élevé de copies et des valeurs d'identité élevées, des amorces ont été élaborées pour amplifier les polymorphismes amplifiés inter-SINE (ISAP) avec la réaction de la polymérase en chaîne. Les fragments résultants ont produit des empreintes digitales spécifiques à chaque génotype. Cette approche moléculaire requiert un équipement de laboratoire standard et est donc facile à utiliser pour la vérification du matériel végétal. Nous démontrons la fonctionnalité de trois combinaisons distinctes d'amorces ISAP comparativement à dix marqueurs de répétitions de séquences simples pour distinguer 23 génotypes de peuplier. Déjà en utilisant une seule combinaison d'amorces ISAP, on pouvait clairement distinguer tous les génotypes. De plus, l'analyse de groupement basée sur les trois combinaisons d'amorces a divisé les clones en deux sous-groupes (avec une valeur de bootstrap de 98) selon leur patrimoine génétique. Nos résultats démontrent clairement la convivialité des marqueurs ISAP pour distinguer les génotypes et retracer les descendants de peupliers. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]