학술논문

Identifying small RNAs derived from maternal- and somatic-type rRNAs in zebrafish development.
Document Type
Article
Source
Genome. 2018, Vol. 61 Issue 5, p371-378. 8p.
Subject
*RNA
*ZEBRA danio
*GENE expression
*RIBOSE
*BRACHYDANIO
Language
ISSN
0831-2796
Abstract
Les ARNr sont des ARN non-codants qui sont présents chez tous les procaryotes et eucaryotes. Chez les eucaryotes, il y a quatre ARNr : 18S, 5,8S, 28S (lesquels sont dérivés d'un même ARN précurseur 45S) et 5S. Les auteurs ont récemment découvert l'existence de deux types distincts d'ARNr : un type maternel présent chez les œufs et un type somatique présent chez les tissus adultes. Récemment, le séquençage de nouvelle génération a permis de découvrir de nouveaux petits ARN dérivés d'ARN plus longs, incluant des petits ARN dérivés d'ARNr (srRNA). Dans ce travail, les auteurs ont investigué de manière systématique les srRNA dérivés d'ARN 18S, 5,8S, 28S de type maternel ou somatique au moyen d'une approche RNA-Seq pour petits ARN chez plusieurs stades développementaux chez le poisson-zèbre. Les auteurs ont identifié de nouveaux srRNA pour chaque ARNr. Pour le 5,8S, des srRNA composés uniquement de la moitié 5′ ou 3′ ont été trouvés, et seul ces derniers présentaient une séquence différente chez les types maternels et somatiques. Pour les 18S, des srRNA de 21 nt issus de l'extrémité 5′ ont été trouvés et ils ressemblent beaucoup à des microARN. Un tel produit est vraisemblablement dérivé d'un précurseur ayant une structure en épingle et il est aussi présent parmi les petits ARN en complexe avec la protéine Argonaute chez l'humain et la souris. Pour les 28S, un srRNA de 80 nt abondant et issu de l'extrémité 3′ du l'ARNr 28S a été observé. Les niveaux d'expression de ces srRNA au cours de l'embryogenèse indiquent qu'ils ne sont pas générés par une dégradation des ARNr et qu'ils pourraient jouer un rôle dans le développement du poisson-zèbre. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]