부산대학교 도서관

On a suggéré que les gènes nucléiques à faible nombre de copies comme marqueurs indépendants prometteurs pour la phylogéographie des plantes. Cependant, les études disponibles à l'échelle intraspécifique révèlent que l'information obtenue est souvent gênée par une paralogie apparente et un manque de coalescence des allèles. Il convient donc de vérifier leur utilité sur des plantes dont on détient de solides données à partir d'autres marqueurs. Les auteurs ont cherché à obtenir de l'information utile à partir d'un gène nucléique à faible nombre de copies pour examiner la congruence de la variation génétique avec la géographie, ainsi qu'avec des marqueurs ribosomiques nucléiques, plastidiques et AFLP antécédents. Ils ont testé sept combinaisons d'amorces pour caractériser la structure du GapC (déshydrogénase du glyceraldéhyde 3-phosphate cytosolique) chez l'Armeria pungens (Link) Hoffmanns. & Link, une espèce dunaire à distribution Atlantico-méditerranéenne, avec disjonction d'aire. Ils ont analysé, avec parcimonie statistique, une matrice de 101 séquences directes à partir de 71 individus. Pour vérifier la fiabilité du séquençage direct, ils ont également généré 216 séquences clonales et tenté des essais de recombinaison. En comparant les séquences des nucléotides et des acides aminés, ils ont identifié trois paralogues (1, 2, 3) différents, et échantillonné le paralogue #2 pour inférence phylogéographique. Au sein de ce paralogue, on a décelé 13 allèles appartenant à trois types de séquences différents (I, II, II). On montre que ces trois types correspondent aux lignées provenant du même lieu dont l'ouverture antidate l'origine de l'A. pungens obtenue avec des marqueurs précédents, bien que le Type III pourrait être un paralogue récent. La variation allélique au sein des Types I et II suit une nette tendance géographique supportant les deux lignes principales détectées chez l'A. pungens avec les marqueurs antécédents. Cette étude suggère qu'on peut obtenir de l'information sur l'histoire de la population d'une espèce, mais s'il subsiste une certaine incertitude sur la source de variation des séquences de gènes nucléiques à faible nombre de copies, soit d' allèles du même lieu ou paralogues. [ABSTRACT FROM AUTHOR]