학술논문
Development of soybean aphid genomic SSR markers using next generation sequencing.
Document Type
Article
Source
Subject
*SOYBEAN diseases & pests
*GENETIC markers
*NUCLEOTIDE sequence
*MICROSATELLITE repeats
*LOCUS (Genetics)
*POLYMERASE chain reaction
*GENETIC polymorphisms
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Language
ISSN
0831-2796
Abstract
Les microsatellites ou SSR sont très utiles en tant que marqueurs moléculaires en raison de leur nature locus-spécifique, codominante et multi-allélique, de leur grande abondance au sein des génomes et de leur grande transportabilité d'une espèce à une autre. Le puceron du soja ( Aphis glycines Matsumura) est devenu l'un des insectes les plus dommageables chez le soja [ Glycine max (L.) Merr.] en Amérique du Nord depuis son introduction dans la région du Midwest en 2000. Des biotypes du puceron du soja qui sont capables de coloniser des cultivars résistants nouvellement développés ont été découverts récemment. Des outils génétiques permettant d'étudier les pucerons du soja, incluant les marqueurs moléculaires, manquent cruellement. Les nouvelles plateformes de séquençage rendent possible un séquençage à très grande échelle à faible coût, facilitant le développement rapide de marqueurs. Les objectifs de ce travail étaient ( i) de développer et de caractériser des SSR génomiques chez le génome du puceron du soja à partir de séquences d'ADN obtenues par séquençage à haut débit et ( ii) d'évaluer l'utilité de ces SSR pour des analyses de diversité et de parenté génétiques. Cent vingt-huit paires d'amorces SSR ont été conçues sur la base des séquences obtenues sur un appareil Illumina GAII à partir d'une banque génomique partielle de l' A. glycines. Presque 94 % (120) des amorces ont permis d'obtenir des allèles SSR de la taille attendue et 24 locus SSR étaient polymorphes au sein de trois échantillons provenant de trois populations. Les SSR polymorphes ont permis de distinguer 24 pucerons provenant de l'Ohio et du Dakota du Sud. Le séquençage des amplicons obtenus pour deux amplicons SSR chez 4 échantillons de puceron a révélé que le polymorphisme était dû à la variation du nombre d'unités répétées. Ces marqueurs devraient s'avérer particulièrement utiles pour distinguer les pucerons obtenus dans différents champs de soja, ainsi que différentes villes ou régions. Ces marqueurs SSR fournissent à la communauté scientifique les premiers marqueurs PCR codominants développés à partir de séquences génomiques de l' A. glycines. [ABSTRACT FROM AUTHOR]