학술논문
Expressed sequence tag analysis in tef (Eragrostis tef (Zucc) Trotter).
Document Type
Article
Source
Subject
*TEFF
*GRAIN
*CROPS
*NUCLEOTIDE sequence
*PROTEIN kinases
*
*
*
*
Language
ISSN
0831-2796
Abstract
Le tef (Eragrostis tef (Zucc.) Trotter) est la plus importante culture céréalière en Éthiopie. Cependant, il existe très peu de séquences nucléotidiques qui soient connues pour cette espèce. Des étiquettes de séquences exprimées (EST) ont été produites à partir de quatre banques d'ADNc : feuilles de plantule, racines de plantule et inflorescences de l'E. tef ainsi que des feuilles de plantules de l'Eragrostispilosa, une espèce sauvage apparentée. Une analyse de groupement des 3 603 séquences a permis de produire 530 contigs et 1 890 singlons pour un total de 2 420 unigènes pour le tef. Environ trois quarts des unigènes du tef étaient homologues à des séquences protéiques ou nucléotidiques connues. L'annotation de ces unigènes a permis de classifier 68 % de ceux-ci parmi l'une ou l'autre des catégories ontologiques. L'identification de domaines protéiques conservés a révélé la présence de 389 domaines de familles protéiques (Pfam) au sein des unigènes traduits dont le plus répandu était celui des protéines kinases. Au total, 170 EST contenaient des microsatellites (EST-SSR) et 80 marqueurs en ont été tirés. De plus, 19 polymorphismes mononucléotidiques (SNP) ou insertion–délétion (indel) ainsi que 34 polymorphismes de longueur des introns (IFLP) ont été développés. La banque de données pour les EST et les marqueurs moléculaires générés au cours de ce travail seront des outils utiles pour de futures études génétiques sur le tef. [ABSTRACT FROM AUTHOR]